Об основании монастыря рассказывают такое предание. Как-то раз в 1639 году, еще будучи Анзерским иеромонахом, патриарх Никон убежал от своего строгого наставника Елеазара на обычной рыбацкой лодке, стремясь достигнуть устья реки Онеги и далее направиться в Кожеозерский монастырь. Очевидно, акт побега с Анзера не был расценен Высшими Силами как богоугодное дело и Никон на Белом море попал в лютый шторм. Русская православная церковь едва не лишилась своего будущего реформатора, но на его счастье ему удалось спастись на Кий-острове. Вот что пишет об этом приключении сам герой: "и во время то от великого морского волнения едва не потопихомся; но уповающе на силу божественного животворящего креста, спасение получихом перед Онежским устьем, к пристанищу, к Кию острову... Будуще же тогда на том острове, на воспоминание того своего спасения водрузихом на том месте святый и животворящий крест".